C.E.73年10月2日、ミネルバ進水式直前に地球連合軍ファントムペインの襲撃にあい出撃。撤退しようとするファントムペインを追撃するが失敗。その後、成り行きから同乗する事となったオーブの国家元首カガリに対し、カガリの支持するオーブの理念を、怒りを顕わにしながら否定する。
直後に発生したユニウスセブン落下テロに際し、ミネルバはジュール隊のユニウスセブン破砕作業を手伝いながら、血のバレンタインの復讐を誓うサトーらパトリック・ザラ派の残党と交戦。降下中、自機もこのまま落ちれば地表（海面）に激突する危険にありながら、大気圏内で制御できなくなっていたアスランの乗るザクウォーリアをかかえて助け、ミネルバに無事帰投した。
整備が必要となったミネルバは太平洋に降下、オーブへ入港する。この時、休息を与えられて街へと繰り出す友人らとは別に、シンは2年前家族を亡くした海沿いに赴き、慰霊碑にてキラと出会う。
ブレイク・ザ・ワールド後の混乱の中オーブは大西洋連邦との同盟を締結し、その後地球連合はザフトに対して一方的に開戦宣言を発表した。その締結をめぐり、自分の不甲斐なさをタリアに詫びにきたカガリに対してオーブ首脳陣に対する怒りを交えた辛辣な言葉を浴びせている。ミネルバが出港した後ユウナらの密告により待ち構えていた地球軍との交戦のさなか、攻撃を受けて海中に落下しそうになる。その時シンのSEEDが覚醒、ザムザザー及び空母2隻を含む地球軍の艦艇6隻を撃破し、ミネルバを救った。
その後はザフトに復帰したアスランが隊長となり、FAITHである彼の指揮下に置かれることになる。インド洋の前線基地にて徴用され、逃亡しようとして銃殺された現地民を見て怒り、アスランの命令に従わず連合勢力に攻撃を行った事で彼に叱責される。この出来事以降、二人は衝突し合う様になっていくが、共に戦っていく中、ハイネの仲介もあり、その後多少持ち直した。
ディオキアにて休暇を与えられたシンは、ステラが崖から転落するのを発見、彼女を救助する。シンがパニックに陥った彼女を抱き寄せ「守る」と言ったことにより彼女は平静を取り戻し、これ以後両者共にこの約束を固く信じるようになる。この時、シンは怪我を負った彼女の足にハンカチを巻いて応急処置をし、ステラからお礼に貝殻のカケラを渡される。その後、救助された2人は別れ際に再会を約束する。ステラから貰った貝殻はガラスの小瓶に入れ、大切な思い出とした。
ディオキア出航後、ダーダネルス海峡で地球連合･オーブの同盟軍と交戦、激化する戦いの最中カガリ率いるアークエンジェルが戦闘を止めるために乱入。両者にも属さない姿勢をとるアークエンジェル、特に一瞬で腕を落としていったフリーダムに対しては強い敵愾心を見せるようになる。
ミネルバが連合のSOS通信を傍受、調査に赴いたシンとレイは廃棄されたエクステンデッドの研究所を発見。その調査中、単独で襲撃してきたガイアを撃破するが、操縦していたのが海岸で出会った少女・ステラである事に気付き、負傷した彼女を無断でミネルバの医務室に運ぶ。その後の検査の結果、彼女がエクステンデッドである事が判明し、さらにステラの記憶からディオキアでの思い出が消されていることに驚愕する。しかしステラはシンと触れ合うことで記憶を取り戻し、シンは頻繁に医務室に通うようになる。
クレタ沖での戦いで、待ち伏せしていた地球連合･オーブの同盟軍と再び交戦に入った時、フリーダム、ストライクルージュと共にアークエンジェルが再び乱入。自らの国を離れてなおオーブの理念を掲げるカガリのストライクルージュに対してシンは怒りを露に、命令無しで攻撃するが、フリーダムに阻止される。そしてアークエンジェル側に対する怒りを感じる中で、再びSEEDが覚醒し、その勢いのままアビスを撃墜した。そして、目の前に立ちふさがるオーブ軍旗艦タケミカズチを撃破した。なお、この中にかつて自分を助けた恩人のトダカ一佐が一人残っていたが、シンは最後までその事実を知ることはなかった。
その後、生死を問わずステラはプラント本国に証人として送られる、それ以前に延命措置をしても長くは持たないのでネオに返さなければ死んでしまうことを知ったシンは、彼女を救いたい一心で軍規を破り、レイの助けを受けながら、戦争等に関わらせないことの約束のもと地球軍ネオに彼女を引き渡した。捕虜解放は重大な軍規違反であるが、デュランダルの計略により不問とされる。このことが原因で、シンは自分は認められていると勘違いをし、ザフトに出戻りした割にはまるで戦果を挙げられず不甲斐無いアスランを見下す態度を見せるようになっていく。
その後、無差別な破壊活動を行っていたデストロイを撃墜するため、ベルリンへと向かい、シンはインパルスにて出撃。交戦中、デストロイのコクピットにいるのはステラだという事を知ったシンは必死に彼女へ呼びかける。シンの記憶を僅かに思い出し、デストロイが行動を止めたかに見えた矢先に偶然フリーダムが視界に入った事でステラは錯乱し、再びデストロイは暴走する。シンは何とか止めようと試みるが叶わずデストロイに追撃されそうになった寸前、フリーダムがデストロイを撃破する。
自らの腕の中で息絶えたステラの遺体を抱いたシンは号泣した後、二度と彼女の体が弄ばれることのないよう山中の湖で水葬した。そしてフリーダムのパイロットへの怒りを一層募らせる。
ミネルバは、アークエンジェルを追走。フリーダム撃破を誓い、レイの指導のもと対フリーダムの戦い方を研究・演習を重ねていたシンは、インパルスの機体特性を活用しフリーダムを撃墜する。ステラを想いコクピットにて半ば放心状態で涙を流す。パイロットもこのとき死んだと思っていたようである。ミネルバに帰還後、シンが作戦以前からフリーダムを擁護していたアスランを挑発したことで乱闘を起こし、キラ達に対する互いの思惑の違いが、二人の対立を深めた。
ジブラルタル到着後、デュランダルより、シンのパイロット能力に機体性能が追いつかなくなったインパルスに代わり、デスティニーを受領する。しかしその直後の夜、アスランがザフト軍を脱走する事件が発生。デュランダル議長にアスランの乗るグフイグナイテッドの撃墜を命じられたシンは、降伏勧告しながらもアスランを追い詰めるが、今のザフト軍とデュランダル議長に対する不信を訴えるアスランの言葉とレイの恫喝の間に挟まれ苦悩する。そしてシンは裏切りに感情を爆発させながらグフを撃墜した。シンの帰還後、ルナマリアは妹のメイリンと上官として仰いだアスランの仇であるシンの背中を頼り泣き崩れた。この状況で最も辛いはずのルナマリアは「あなたは軍人として命令を実行しただけだから」と、激しい自責の念に苛まれるシンを庇った。これによりシンは何に変えてもルナマリアを守ることを決意する。親しい者を撃った者と撃たれた者となった両者は同じ痛みをもつ二人となり、二人の距離は一気に縮まった。しかしアスランを撃墜したことによる影響は計り知れず、これ以降シンの精神は常に不安定な様相を見せる。
デスティニーを受領した後、ロゴスの拠点であるヘブンズベースを陥落させるべく、ヘブンズベース攻防戦に参加、スティングが駆るデストロイを撃破するなどの戦果を残し、ヘブンズベース陥落に貢献した。この作戦での功績により二つ目のネビュラ勲章の受勲とFAITH就任を果たす。
その後ミネルバは、ブルーコスモスの盟主ジブリールを匿うオーブとの戦いに参戦する。オーブは自分が討つと心に決めたシンは出撃し、オーブのモビルスーツを撃破、カガリの操縦するアカツキを追い詰めたが、駆けつけたキラの操縦するストライクフリーダムによって阻止され、その後熾烈な戦いを展開するが、エネルギー切れのためにレイの指導の下一時帰還した。またアスランの乗るインフィニットジャスティスの参戦により片腕を落とされ、ザフト軍は撤退する。またジブリールは逃亡し、討伐作戦は失敗に終わった。この戦いの後、カガリが中心となったオーブはロゴスと決別するが、オーブへの憎悪は続いた。
最終決戦に備え宇宙へと上がったミネルバは、大量虐殺兵器であるレクイエムの照準がコーディネイターの大半が住む、プラント本国に定められたことを知り、その発射を阻止するべくレクイエム攻略戦に参戦。シンの駆るデスティニーは、デストロイ・ゲルズゲー・ウィンダム・ザムザザーらを瞬時に撃破、ダイダロス基地司令部を制圧、単身の奇襲作戦ながらも成功へと導く活躍を見せ、プラント本国を救った。
最終決戦直前に、レイからクローンである事と、もう命が長くない事を打ち明けられる。デスティニープランに対する疑念を抱いたまま、理不尽な運命を背負わされたレイやステラのような子供がもう二度と生み出されないようにと、レイから託された未来と議長の提示する未来を信じ、シンは改めて戦う決意をする。
最終決戦時には、月面上でアスランが乗るインフィニットジャスティスと交戦。ルナマリアを攻撃されたことによる怒りからSEEDが発動し、序盤は互角の戦いを展開するものの、徐々に劣勢に追い込まれる。戦いの中でアスランの言葉に動揺し続け、家族やステラの死、アスランやオーブに対する複雑な思い、フリーダムに対する憎しみ等で苦悩する。そして再びアスランに猛攻を加えようとしたそのとき、シンとアスランを止めようと割って入ったルナマリアのインパルスに動揺し、ルナマリアの乗るインパルスにフリーダムの幻影を重ねてしまう。インパルスに攻撃が当たる間際で、間一髪のところでアスランがこれを防ぐ。そこからのアスランの攻撃で、デスティニーは戦闘能力を失い月面に擱座する。朦朧とする意識の中でステラとの邂逅を経て目覚めたシンは、ルナマリアによって救出され、メサイアが落ちていくのを見つめながら号泣する。
