アプサラスⅢはアプサラス型の完成型として製作され、パイロットはギニアスの命により引き続きアイナが務めた（ただしギニアスも同時に搭乗している）。実験機であるアプサラスⅡが失われたせいもあり、完成時期が遅れ正式な量産は認可されていない。
実験機であったアプサラスI及びIIでは、ミノフスキークラフトに大電力が必要であったが、ジェネレータの発電能力が足らず、出力が不安定であった。それに加えて、アプサラスⅢではミノフスキークラフトを2基装備させる予定であったため、より多量の電力を供給するためにMS-09RⅡリック・ドムⅡのジェネレータ3基分を本機に搭載、解決を見る事となる。
横長の巨大な楕円型の機体に、下部には球状の構造物（ミノフスキークラフト）が左右に2基、中心に実験機と同じようにメガ粒子砲と、その上にザクの頭部がある。通常は浮遊して移動するが、位置を固定する際には球状の構造物（ミノフスキークラフト）を途中に付けた、細長い足のような降着脚を2本、補助として後方にもう一本伸ばし、先端を接地させる。
劇中では、ギニアス率いる部隊がアプサラス開発に用いていた、極秘工場の所在が地球連邦軍側に発覚。基地防衛のためMS-07H8グフフライトタイプ2機を護衛に伴って、山頂から飛び立つ。メガ粒子砲は予想された通りの強大な破壊力で、基地周辺に展開していた連邦軍地上兵器群を一瞬で一掃した他、山ひとつを吹き飛ばしている。しかし、ジム・スナイパーの攻撃により降着脚とミノフスキークラフトを破壊される。その後、ジム・スナイパーを撃墜し、最大出力でメガ粒子砲を発射して、後方にいた本隊のビッグ・トレーを粉砕するが、地上に落下しかけたところを、シローとアイナの乗るガンダムEz8に頭部下のコックピットを叩き壊され、撃破される。
