西暦2312年。
各国家群は地球連邦として統一を果たし、世界は一つになりつつあった。しかし、その裏では独立治安維持部隊「アロウズ」によって、反連邦主義や思想への弾圧や虐殺が行われており、世界は未だに歪んだままであった。
アロウズによって捕えられていた沙慈・クロスロードと偶然再会した刹那・F・セイエイは、彼を救出し満身創痍のガンダムで戦うが、すでにアロウズの機体は従来のガンダムの性能を超えており、苦戦を強いられる。しかし、そこに水面下で活動していた新生ソレスタルビーイングが救援に現れ、窮地を脱した。新しいガンダムを武器に、ソレスタルビーイングは再び世界に戦いを挑む。
アロウズは日増しにその力を強め、ついには衛星兵器「メメントモリ」によって、中東の一国を滅ぼすほどとなっていた。情報統制によって真実は世界に伝えられぬままではあったが、歪みは連邦内でも確実に広まっていた。沙慈は戦いの中での偶発的な要因から、ダブルオーガンダムの支援機であるオーライザーのパイロットとなり、ダブルオーとの合体を成功させCBの危機を救うが、直後の未知なる現象により、ルイスが家族の復讐のためアロウズに所属していることを知る。激しく苦悩する沙慈だったが、彼女を救う事と無意味な戦いを止めるための「守るための戦い」をすることを決意する。
自分こそが人類を導く存在だと自負するリボンズと、未来のために戦う刹那・F・セイエイの戦いが始まる。
