宇宙暦0079年。増え過ぎた人口の半数が、地球周辺に浮かぶスペース・コロニーに移民していた。地球から最も遠いコロニー群サイド3はジオン公国を名乗り、地球連邦からの独立を求め、独立戦争を挑んできた。圧倒的な連邦軍の戦力数に対して、ジオン軍は人型機動兵器「モビルスーツ」を実戦投入し、戦争は膠着状態に陥る。これに対抗し、連邦軍もモビルスーツの開発に成功。最終テストをサイド7で行なっていた。
サイド7に住む少年アムロ・レイは、コロニーに侵入してきたジオン軍の攻撃の最中、父テム・レイが開発を行っていた連邦軍新型モビルスーツ、ガンダムに搭乗する事となった。ガンダムの母艦「ホワイトベース」は、避難民を収容しながらサイド7を脱出する。しかし脱出後の宇宙空間には、赤い彗星と呼ばれるジオン軍のシャア・アズナブルが待ち受けていた。
ホワイトベースの乗るアムロ・レイたちは、各地の戦場を転戦しながら、様々な人々と出会い、戦い、別れを経験していく。数々の困難を乗り越え、閉鎖的な極限状態に悩み、傷つきながらも一歩ずつ成長していく、アムロたち少年少女の姿を描いた物語である。
