戦争が終わった後はラクスと共にオーブに帰り、近海の島でマルキオ導師と孤児達と共に暮らしていた。島にある館ではマリューやバルトフェルドとも一緒に暮らしていた。ザラ派残党によるテロ事件が起きると、ミネルバはオーブに降下し、そこでアスランと再会する。さらにシン・アスカとも運命的な邂逅を果たす。
その後、ラクスの命を狙う謎のコーディネイター部隊の襲撃に際し、ラクスたちを護るために再びフリーダムに乗ることを決意する。SEEDを発動させ全ての敵機を一瞬で撃破した。このときキラはパイロットを一人として殺さなかったが、敵が全員自爆したことに衝撃を受ける。
カガリ・ユラ・アスハとユウナ・ロマ・セイランの政略結婚、オーブと地球連合の同盟締結をカガリの手紙から知ったキラはフリーダムで結婚式に闖入し、カガリをアークエンジェルに連れ去った。乱暴な行為に対し怒りを露わにするカガリに、「カガリにまで、あんな馬鹿な真似をさせるわけにはいかない」と反論する。世界の情勢を見守る中、ラクスの偽者であるミーア・キャンベルの存在を知り、先のラクス暗殺未遂と合わせプラントの最高評議会議長であるギルバート・デュランダルに対して強い怒りと不信を抱くようになる。
その後、オーブが戦争へと向かっていくのをとめるために、ミネルバと地球連合・オーブ同盟軍との戦闘に介入するようになる。第23話ではSEEDを発動させ地球・オーブ連合軍とザフト軍の戦闘に介入し、向かってくる敵全ての機体の戦闘力だけを奪い、シン・アスカのインパルスも一蹴し、アビス、ガイア、ハイネのグフイグナイテッドの三機も一瞬で撃破するなど、圧倒的な戦闘力を見せ付ける。しかしこの介入による混乱の最中、ガイアの攻撃によってハイネが死亡てしまったことや、ミネルバの主砲を破壊してクルーを殺したことなどで、アスランとの間に確執を生むことになってしまった。
ラクスがプラントの様子を探るために宇宙に上ると言ったときは、その身を心配して反対したが、ラクスの決意が固いことを知ると、宇宙に上ることに協力している。そしてアスランとの確執は第28話にて一挙に表面化し、激怒したキラは、SEEDを発動させてセイバーを二刀のビームサーベルで大破させる。同じくこの戦闘で、スティング・オークレーのカオスも撃墜している。第31話ではステラ・ルーシェが搭乗するデストロイがベルリンで殺戮を繰り広げるの見てフリーダムで出撃し、デストロイを破壊する。
結果的にキラがステラを死に追いやっためシンはキラへの復讐に燃え（一部のファンはこれがシンのお門違いの逆恨みといっている）、第34話におけるアークエンジェル追激戦で守勢に回ったキラは、シンの機転をきかした戦術にはまり手も足も出ずに敗北した。ソードインパルスのエクスカリバーに串刺しにされたが、コクピットの下に逸れて突き刺さったため、キラは九死に一生を得、カガリに救助されている。
宇宙でラクスのエターナルが危機に陥った時は、彼女を助けるべくストライクルージュで宇宙に上る。そしてラクスから新たな乗機となるストライクフリーダムガンダムを授かり、追撃するザフト軍を全て退ける。間もなく開始されたザフトによるオーブ侵攻戦の最中、ラクスと共にオーブに降り立ち、シンのデスティニーが追い詰めていたカガリのアカツキを救った。そしてSEEDを発動させシンのデスティニーを一時的に退け、レイ・ザ・バレルのレジェンドとも互角に渡り合った。
オーブ戦が一段落すると、アークエンジェルはオーブ軍に正式編入され、キラはアークエンジェルクルーの中では最も高い階級である中将に昇格し、ラクスやアスランたちと共に再び宇宙に上がる。月面の自由都市コペルニクスにてラクスやアスラン、メイリンと外遊している途中、ミーア・キャンベルに救いを求められるが、指定された場所で待ち伏せていた刺客に襲撃される。刺客は退けたもののミーアを救うことはできず、彼女の最期を見届けることになってしまう。
最終決戦ではアスランと共にギルバート・デュランダルのザフト軍に挑み、立ち塞がるレイと戦う。激突する中で、キラはレイの中にクルーゼと同じものを感じ取る。「自分はラウ・ル・クルーゼだ」と言い、クルーゼと同じ憎しみを向けてくるレイに対し、キラは「レイの命はレイのものだ。彼（クルーゼ）にとらわれるな」という叫びでレイの憎悪を跳ね除け、レジェンドを撃破する。
そして「メサイア」に突入し、因縁に決着をつけるべくデュランダルと銃口を向け合い対峙し、互いの主張をぶつける。両者は共に道を譲らなかったが、「混沌とした世界で生き抜けるというのは、最高のコーディネイターならではの傲慢ではないのか」と皮肉交じりの言葉を吐くデュランダルに対し、キラは「自分はみんなと何も変わらない、只の一人の人間だ」と、二年前クルーゼとの戦いでは見つけ出せなかった「自分の存在理由」をぶつけた。 その言葉を聞き動揺したレイがデュランダルを撃ち、デュランダルは倒れる。その場に現れたタリア・グラディスからマリューへの伝言を託され、キラはやるせない気持ちで彼らを残し崩壊するメサイアから脱出する。
