ファントムペインを率いて、アーモリーワンを襲撃し、ザフト軍のMS、カオス、ガイア、アビスを強奪する。アーモリーワンから母艦ガーティー・ルーで離脱する際には、エグザスで出撃し、敵をひきつけてながら追撃して来るザフト軍MSを数機撃墜した。デブリ帯において、ファントムペインを追撃してきたミネルバを翻弄し、小惑星の中に閉じ込めるが脱出され、ガーティー・ルーが損傷し、撤退した。
ユニウスセブン落下事件後、ミネルバ討伐の任を受け、地球に降下するインド洋での戦闘では、MSの大部隊を指揮し、シンのインパルスと戦闘になるが、アスランのセイバーに牽制され、撃墜には及ばなかった。
その後、オーブ軍を煽動し、ミネルバを追い詰めるも、突如現れたアークエンジェルとフリーダム、そしてオーブ代表首長カガリにより戦場は混乱し、ミネルバを討つには至らなかった。この後ステラを死なせたくないと願ったシンと相対しステラの返還を受ける。 度重なる任務失敗によりジブリールから与えられた次の命令は、ザフトとの直接の戦闘指揮ではなく、ザフトに友好的な地球連合勢力圏であるベルリン市街へのステラを乗せたデストロイによる攻撃であった。デストロイの護衛としてネオはウィンダムで出撃するが、デストロイを止めに来たキラのフリーダムに撃破され不時着し、コクピットから放り出され、気絶する。
この時に、アークエンジェルによって収容されるが、素顔が、アークエンジェルを守って戦死したはずのムウと瓜二つであり、アークエンジェルに残っていたパーソナルデータがムウのものと100％一致する事がわかる。以降は捕虜としてアークエンジェルの医務室のベッドに両腕を縛られた状態で拘束される。様々な一致点から、ネオ＝ムウという認識を持たざるを得なくなり、マリューよりスカイグラスパーを与えられ解放されるも、直後の交戦でそのままスカイグラスパーで戦闘に参加する。機体が被弾し再びアークエンジェルへと着艦した。オーブでの戦闘終了後、自分が誰なのかを知るため、そして自分の身体と、言葉で表現できない何かで覚えているマリューのため、アークエンジェルに残って戦うことを選ぶ。アークエンジェルが正式にオーブ軍に編入されてからは一佐に任官され、オーブに残るカガリからアカツキを託される。
メサイア攻防戦において、シラヌイパックに換装したアカツキで出撃し、アークエンジェルとエターナルをザフト軍の攻撃から守った。ミネルバがアークエンジェルに向けて放ったタンホイザーをアカツキで受け止め防いだ際、ムウとしての記憶が完全によみがえる。その後、アスランと共にレクイエムを破壊した。そしてメサイアの陥落を見届けたネオは、マリューのいるアークエンジェルへムウ・ラ・フラガとして戻って行った。
