プラント最高評議会議長ギルバート・デュランダルの主導により開発された、ザフト軍の最新鋭MSである。デュランダルの求めにより「最高の技術を全て盛り込む」ことを設計思想に加えた結果、当時既に形骸化していたユニウス条約を半ば故意犯的に破り、類稀な機体性能を実現した多くの新機軸が搭載され本来サードステージとして開発されていたデスティニーは、政治的理由からセカンドステージに分類されている（機体型番末尾はセカンドステージを示すSとなっている）。だが、純粋な性能面ではサードステージ以上のハイステージにも値し、デスティニーと同時期にサードステージ相当機として開発されていたZGMF-X666S レジェンドを差し措き「火力、機動力、防御力、信頼性、その全ての点に於いてインパルスを凌ぐ“最強のモビルスーツ”」と評された。本機は、ザフトのエースパイロットであるシン・アスカへの引き渡し前に、彼の搭乗を前提としたチューンナップが施されており、彼が搭乗した時にこそ真価が発揮されることとなる。実戦投入された本機は、その性能にパイロットの技量が相まり、ヘブンズベース攻防戦からオペレーション・フューリー投入時点に於いて、レイ・ザ・バレルのレジェンドと並ぶ最強のモビルスーツと成った。
デュートリオンエンジンと核エンジンとのハイブリッドエンジンであるハイパーデュートリオンを主機関とし、他の機体を凌駕する高出力を誇る。その大パワーを新OS「Gunnery United Nuclear-Deuterion Advanced Maneuver System（核・デュートリオン統合先進機動システム）」で制御する。
本機の新機軸の一つにより人間に近い動きを可能とする機構がある。これは従来のMSは堅い外装を持つがゆえに人と同じように動くことが出来ず、「銃を撃つ」、「剣を振る」などといった限られた基本動作以外は人間と同じようには出来無かった。しかし、基本装備にインパルスのフォース・ソード・ブラストの各シルエットの機能・装備を併せ持つ本機においては、そうした限られた動作のみでは、戦闘中にタイムロスなく、場合によっては複数の異なる性質の装備を同時に使うことができず、充分な性能を引き出すことが出来ないことが設計段階で判明した。そのため、より人間に近い動作が可能となるよう、基本構造を細かなパーツに分解し、それぞれを連動させる方式を取っている。関節部はPS装甲技術を転用した特殊素材となっており、アクティブ状態では鈍い金属光を放つようになっている。脚部は装甲を複数のパーツに分解し、それぞれをフレキシブルにスライドさせることで、広い関節可動部分と高い運動性を実現している。装甲を分割し、可動範囲を広げることは、装甲に隙間を作ることと同意であり、防御力の低下は避けられない。しかしながら、ザフト開発陣は、専属パイロットであるシン・アスカの戦闘データを解析し、パイロットの運用実績にあわせた可動範囲の設定と装甲分割を行っている。これにより、デスティニーは敵に対する無防備な瞬間を最小限にとどめながら最大の機動性を発揮することが可能となった。なお、この装甲調整はシン・アスカに引き渡された後も、複数回に渡って微調整が行われている。同様のシステムはZGMF-X20A ストライクフリーダムにも採用されているが、ストライクフリーダムがキラ・ヤマトの技量に大きく依存することで防御力の低下を無視し、運動性を向上させる仕様であるのに対し、デスティニーのそれはより実戦的なものとなっている。
また、背部のウイングユニットはZGMF-X10A フリーダムの大型ウイングを発展させたものであり、メインスラスターを中心に左右対称に配置されている。大型パーツの内部に小型ウイングが収納されており、展開すると合計10枚のウイングとなる。 ウイング内のスラスターには、D.S.S.Dで開発されたヴォワチュール・リュミエール (VL) の技術が転用されており、出力増大に伴い「光の翼」が発生する。なお、D.S.S.Dは非軍事組織であるため、プラントの支援も受けている組織ではあるが、軍事への技術協力を完全拒否しており、同技術がD.S.S.Dから直接伝えられたとは考えにくい。また、スターゲイザーでは光の幕で太陽風を受け、エネルギー変換するソーラーセイルを主推進器としているのに対し、デスティニーでは自機の電源から得られるエネルギーを特殊光圧に変換し、主推力として用いるなど基本的な構造に大きな差異が見られる。
これらのシステムは膨大な出力を持つ本機でなくては稼動不可能であり、要求通りのスペックで製造した場合、その構造は従来の機体よりも数段複雑なものとなる。その為、生産性及び整備性の点で大きな課題を残している。
