指揮官用の上級機で、「ファントム」とは「幽霊、亡霊、幻影」の意味。
頭部に追加されたブレードアンテナにより通信、指揮統制、情報処理能力の強化が図られている。資料によっては、これはザクファントムの装備というより指揮官機用の装備であり、1000ザクウォーリアにも装備されている機体があるとされている[12]。右肩にもシールドが装備され、左右対称の機体構成となっている（ただし、ノクティルーカウィザード装備の状態では、1000ザクの指揮官機と外観上区別がつかない）。基本性能的には大差無いが、一部にやや高品質な部材を用いているらしい。
1000ザク同様、エース級パイロットによるカラー変更も許されており、搭乗者が限定される本機は特にその傾向が強く、相対的にカスタム機の割合も多い。
