新型モビルスーツの公開軍事演習を行っていたAEUは、所属不明のモビルスーツ2機の襲撃を受ける。GUNDAMと刻印されたその機体は、圧倒的な機動性と攻撃力でAEUのMSを破壊。同じ頃、人類革新連盟の宇宙ステーションを襲撃したテロリストを、別の2機のガンダムが迎撃し、多数の市民の命が救われた。
この騒動の中、世界に向けて一つの声明が発表される。4機のガンダムを所有する私設武装組織「ソレスタルビーイング」は、戦争・内乱など世界中のあらゆる武力紛争に同じ武力をもって介入し、戦争根絶を目指す集団であるという。それは「平和のための武力行使」という矛盾を抱える行為であった。
莫大なエネルギーを生み出す「太陽炉」を搭載した4機のガンダムは、武力介入を行ないながらも、その最中に人命救助を行うなど、彼らの存在に世界は混乱。存在を否定するかのごとくテロが起きる一方、彼らを正義だと称える声もあり、賛否両論が巻き起こる。各国家は威信をかけてガンダムを入手しようと様々な作戦を実行するが、ガンダムとの性能差の前にことごとく敗北。そうした中で、各国家群は合同軍事演習を名目に、大規模なガンダム鹵獲作戦を決行。圧倒的な物量を前に、ついにガンダムも敗北するかと思われた時、「トリニティ」を名乗る新たなガンダムマイスター達が出現。刹那・F・セイエイたちは、彼らによって窮地を救われたが、彼らはこれまでの武力介入を手緩いものとし、より過激な武力介入を始めた。
そんな中、ソレスタルビーイングの監視者の一人、アレハンドロの裏切りによって「擬似太陽炉」が各国家群へと渡る。トリニティによる過激な武力介入は、ソレスタルビーイングの計画を掌握しようとする彼の計略であり、国連軍結成を促するための布石だった。用済みとなったトリニティは始末され、謎の少年リボンズの協力によって、計画の要の量子コンピュータ「ヴェーダ」も掌握されてしまう。
擬似太陽炉搭載機を手に入れた各国家群は、国連軍を組織し、ガンダム殲滅作戦「フォーリン・エンジェルス」を決行。仲間を次々と失いながらも、戦いの果てに平和があると信じ、刹那達は戦地へ身を投げていく。
