宇宙世紀0079年10月。地球連邦軍パイロットシロー・アマダ少尉は、東南アジア戦線に配属される為、輸送艇で地球へ向かっていた。その途中、ジオン軍の改良型ザクと遭遇し、シローは捨て身の戦法で交戦するが、ジオン軍パイロットのアイナ・サハリンと共に宇宙空間で遭難してしまう。生還のため二人は協力し、この出会いが彼らの運命を大きく変えていく。
救助されたのち、配属先の東南アジア戦線では、アイナと敵味方に分かれて対峙することになる。初めのうちは彼を認めない小隊の仲間や上官に翻弄されながらも、いつしかそんな人たちを仲間として味方につけ、シローは戦場で一兵士として成長していく。
