スペースコロニーへの移民が始まって数百年が過ぎた宇宙時代。
地球圏の覇権をめぐる戦争は終わり、平和な時代が到来するかに思われた。
しかし、その平和は、はかなくも崩れ去った。
A.G.101年－（Advanced Generation）突如、出現した正体不明の敵『UE（Unknown Enemy＝アンノウン・エネミー）』によって、スペースコロニー『エンジェル』が攻撃を受け、崩壊した。多くの犠牲を出したこの大惨事は後に『天使の落日』と呼ばれた。その後もＵＥは地球圏に住む人々を、長きにわたり苦しめることになるのである。
A.G.108年－UEとの戦いは続き、それまで平和だったスペースコロニー『オーヴァン』もまた襲われることになる。そこに住んでいた7歳の少年フリット・アスノは、戦火に巻き込まれ母親を失う。だが、その母の死に際、家に代々伝わるメモリーユニット『AGEデバイス』を託される。そこには、かつて救世主と呼ばれた古代のモビルスーツ『ガンダム』の設計図が入っていた。フリットは母の思いを受け継いで、『ガンダム』をつくりあげる決意をする。
A.G.115年－14歳となったフリットは、スペースコロニー『ノーラ』の連邦軍基地アリンストンに引き取られていた。７年間、基地のエンジニア達とともに研究を続けてきた彼は、ついにガンダムを完成させる。ガンダムには、機体を自己進化させる画期的な仕組み「AGEシステム」が搭載されていた。しかし、ついに、恐れていた時がやって来る・・・。UEの魔の手が、平和なコロニー『ノーラ』にまで迫ってきたのだ。
フリットは今、自らがつくりあげたガンダムを動かして戦う。
果たして、フリットは14年もの間、一度も勝利できなかった恐るべき敵『UE』に打ち勝つことができるのか・・・？
