アムロとシャアの最後の戦いから約30年経った、宇宙世紀0123年。
平和な世界を生きていた人類は、その大半が地球から月までの軌道に設置されたスペースコロニーに移住し、地球連邦政府という国家の枠組みを超えた全地球規模の組織に統治されていた。しかし、長引く平和の間に地球連邦政府は再び腐敗。これに対しマイッツァー・ロナは「人の上に立つべき者は、人々の規範となるような高貴な精神を持つ者でなければならない」とする「コスモ貴族主義」を掲げ、軍事組織クロスボーン・バンガードを設立する。
宇宙世紀0123年3月、一族の鉄仮面に率いられた部隊は、スペースコロニー「フロンティアIV」を急襲する。街を覆う戦火と混乱の中で、民間人の少年シーブック・アノーは襲撃から避難するために、友人達とともにコロニーを脱出するが、同行していたセシリー・フェアチャイルドは連れ去られてしまう。セシリーの素顔はマイッツァーの生き別れの孫娘ベラ・ロナだった。
シーブック達は近隣のコロニー「フロンティアI」に辿り着き、地球連邦軍の宇宙練習艦スペース・アークに保護される。艦内には、シーブックの母が携わるF91と名付けられた整備中のモビルスーツがあった。一方、クロスボーン・バンガードに占領されたフロンティアIVでは、コスモ貴族主義の実現のための国家「コスモ・バビロニア」の建国が宣言され、セシリーはコスモ・バビロニアの象徴として祭り上げられることになる。
F91に乗って反攻するシーブックと、専用MSビギナ・ギナを与えられたセシリーは、戦場で対峙する。
