人類と地球に壊滅的な打撃を与えた、第7次宇宙戦争後の荒廃したアフターウォー (A.W.) 15年。
戦争で孤児となり、ジャンク屋やモビルスーツ狩りを生業として生活していた少年ガロード・ランのもとに、ある依頼が来る。内容はバルチャー艦「フリーデン」に誘拐されたティファ・アディールという少女を取り戻してほしいというものだった。しかし、ティファに一目惚れしたガロードは、依頼者を見て激しく怯えたティファをつれて逃走。
ガロードはティファに導かれ、幻のモビルスーツガンダムXを発見する。紆余曲折を経て、2人はフリーデン艦長ジャミル・ニートと共に、「ニュータイプ」と呼ばれる人々を探す旅に出る事となる。
