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MS-06Fを元に指揮官やベテランパイロット用に推力などを増した機体である。その中で特に有名なのが、シャア・アズナブル専用ザクII（シャア専用ザク）である。
また、指揮官はパーソナルカラーに塗装することを許されており、シャア専用機は赤い彗星の名の通り全身を赤系統で塗装している。
シャア・アズナブルは、類希なその操縦能力でザクIIの性能を限界まで引き出し、一般機（F型）と指揮官機の違いがあるとはいえ、「通常の3倍のスピード」と恐れられたほどの速さでザクIIを乗りこなした。