UC計画の最終段階として開発された実験機。宇宙世紀0096年に、月面のグラナダ工場で2機が製造された。
パイロットの精神波に反応する構造材「サイコフレーム」で、機体の駆動式内骨格「ムーバブルフレーム」全てを構築した史上初のフルサイコフレーム機であり、極めて高い機体追従性を発揮する。
通常は、一角獣の名の由来である額のブレードアンテナとフェイスガードに覆われた「ユニコーンモード」で運用される。限界稼動状態では、全身の装甲が展開し体格も一回り拡張、ブレードアンテナがV字型に割れガンダムタイプの顔が現れる「デストロイモード」となる。この際、露出したサイコフレームが眩く発光するのが特徴である。
ガンダムタイプとして開発された理由については、連邦宇宙軍再編計画におけるプロパガンダ的な意味合いが強く、ジオン根絶における絶対的象徴として、ガンダム以上に相応しい機体はないという思惑がある。
NT-Dシステム
表面上は「ニュータイプ・ドライブ」の略称とされているが、真の意味は「ニュータイプ・デストロイヤー」。その名のとおり、NTを駆逐するためのシステムである。システム発動条件は、額のブレードアンテナをサイコフレームと連動させ、NTの存在を感知させること。「かつてのジオン共和国初代首相ジオン・ズム・ダイクンが提唱したNTを根絶する=ジオンの存在そのものを根絶する」システムであるとフル・フロンタルは語る。実際に、強化人間であるマリーダ・クルスやNTと目されるフロンタルとの戦闘時にシステムが発動している。なお本機のパイロット自身がニュータイプであれば、システムに自分自身を感知させることである程度任意でNT-Dを発動させる事が可能なようである。また、1号機のみ追加プログラム「La+（ラプラス）」によって別の発動条件が加わる。
これと類似したシステムとして、一年戦争期にフラナガン機関出身の研究者クルスト・モーゼスが開発した「EXAMシステム」が存在するが、NT-Dは当初から身体能力を人工的に高められた強化人間の搭乗を想定して開発されているところに相違点がある。加えてEXAMの場合は連邦・ジオンの区別には特に拘っておらず、あくまでもニュータイプ自体の殲滅を最終目標として設計されていた。
パイロットの脳波を直接機体制御に反映するサイコミュオペレーションシステムは、さながら自分の身体であるかのような操縦を可能としているが、20mサイズのモビルスーツが人間と同様の動作をした場合、発生する加速度によるパイロットの肉体的負荷は極めて危険なレベルとなる。サイコミュによる精神的負荷も考慮すると、システムの稼働限界時間は約5分程度であり、普段はリミッターが設定されたユニコーンモードで通常の手動操作を行う。デストロイモードでは瞬間移動と見紛うほどの圧倒的な機動性を発揮し、NTや強化人間の能力をもってしても目で追うどころか、気配を察知することすらできない。この機動性によるパイロットへのG負荷を緩和するために、パイロットスーツには「DDS」とよばれる対G用薬剤投与システムが搭載されており、パイロットに薬剤を投与することで体内の血液循環を活性化して、Gによる循環の停滞を抑える役割を持っている。
システムの発動中は、ファンネルなど他の機体のサイコミュ兵器のコントロールを奪い、自機の兵装として操作することができる。
インテンション・オートマチック・システム
パイロットの感応波を拾い上げ、行動に直結することができるシステム。 連動する機体のフル・サイコフレームに直接思考を反映させることで、実際に操縦するよりも速く機体を動かすことができる。パイロットは、操縦をすることなく、考えるだけでその動作がダイレクトに機体に反応される。このシステムは搭乗者のみならず、敵パイロットの感応波も傍受することができるため、敵の行動を先読みして攻撃することにも用いられている。また、パイロットの思考すら間に合わない緊急事態が発生した場合、ユニコーンガンダム自身が独自に行動し対処する場面も見受けられた。
