エゥーゴとアナハイム・エレクトロニクス社による共同開発計画「プロジェクト・ゼータ」（Ζ計画）で開発されたアナハイム製ガンダムの一機。MSA- 099リック・ディアス（γガンダム）の次に開発されたため、開発コードδが与えられ、δガンダム（デルタガンダム）とも呼ばれた。また本来、型式番号は 099の次なので100が予定されており、名称もそれに併せ、開発主任であるM.ナガノ博士により「百年後でも通用するモビルスーツ」という願いを込めて百式と名付けらた。しかし結局、型式番号は博士にとっての最初のプロジェクトであるためにMSN-001とするべきという意見もあり、博士の主張により MSN-00100と付けられた。MSNのNはM.ナガノ博士のイニシャルであり、00100はMSN-100 (MSA-100) とMSN-001 (MSA-001) のダブルミーニングという事になった。しかし、5桁の型式番号は扱いにくく、元々の予定や機体名の影響でMSN-100と呼ばれる事が多かった（本機は何度か設計変更が行われているため、型式番号については諸説ありはっきりとしない）。また、機体名称に伴い両肩に漢字の「百」がマーキングされた。
当初は可変モビルスーツとして設計されており、両形態で作動するAMBACシステムが組み込まれていた。しかし高いGが掛かった状態で変形すると胴体フレームに歪みが生じてしまうトラブルが発生してしまった。そのため、フレーム剛性を強化するなど試行錯誤するが解決に至らず、可変モビルスーツとしての開発を断念した。しかし、機体自体のポテンシャルが高かったため非可変モビルスーツとして再設計された。そのため以前の名残として各所にムーバブルフレームが露出し、バックパックにはフレキシブル・バインダーが装備されている。これはリック・ディアスのバインダーを洗練したものであり、それ自体が可動肢として機能することで高い機動性を実現した。これは後に開発されたMSK-006A1Ζプラスにおいてウイング・バインダーとして再び採用され、本来の役目を果たすこととなる。
