宇宙暦0079年、一年戦争末期。地球連邦軍が新型ガンダムを開発しているという情報を掴んだジオン公国軍の特殊部隊「サイクロプス隊」は、機体を奪取すべく北極の連邦軍基地を襲撃する。しかし作戦は失敗し、目標物は宇宙へ飛び立ってしまう。
その後ジオン軍は、新型ガンダムが連邦にもジオンにも属さない中立コロニー「サイド6」へ運び込まれたという情報を入手。ジオン軍はサイクロプス隊をそこへ送り込み、再び新型ガンダムの奪取の任務に就かせる「ルビコン計画」を発動。
このサイド6「リボーコロニー」に住む小学生アルフレッド・イズルハ(アル)と、サイド6へ潜入したジオン軍サイクロプス隊新兵のバーナード・ワイズマン(バーニィ)を中心に、物語は展開していく。