コズミック・イラ（C.E）15年。
万能の天才として世界中から注目されたジョージ・グレンが、自分は遺伝子操作された人間であることを告白。同時に製造方法を公開したことで、世界中で遺伝子操作された新人類「コーディネイター」が誕生した。各国で遺伝子操作は法律上禁止されたが、子に優れた能力を与えようとする親は減ることはなく、彼らは徐々に増えていった。しかし、遺伝子操作されていない通常の人類「ナチュラル」は、彼らの優れた能力に対し嫉妬・恐怖を抱き始めた。迫害を恐れたコーディネイター達は、スペースコロニーで政府プラント、軍隊ザフト（Z.A.F.T.）を組織。
C.E.70、プラントと地球側との交渉の席で起こった爆破テロを切っ掛けに、地球上のほぼ全ての国家が加盟し創設された地球連合は、プラントに宣戦布告。農業用コロニー・ユニウスセブンに核が撃ち込まれ、24万人以上にも及ぶ死者が出た。プラントは核攻撃を封じるため、核分裂を抑止するニュートロンジャマーを地球上に散布。結果、核だけでなく、原子力発電も利用出来なくなったことによって、地球上は深刻なエネルギー不足に陥り、飢餓や災害によって数億人の死者が出た。これにより双方の反感情はピークに達し、戦争は激化した。
ニュートロンジャマーの影響で通信やレーダーが使用不可能になったことで、既存の兵器は弱体化。物量で勝る連合の勝利で終わると予想されていた戦争は、プラントが開発した人型機動兵器モビルスーツの登場によって拮抗し、11ヶ月が経過した。
C.E.71、工学を専攻するコーディネイターの少年キラ・ヤマトは、中立国オーブの資源衛星ヘリオポリスで平和に暮らしていた。しかし、このコロニー内では、連合による5機のモビルスーツの開発が極秘裏に行われており、プラントは部隊を送り込んできた。コロニーは戦場へと変わり、キラは逃げ惑う内にザフト部隊と鉢合わせてしまう。しかし、その部隊の中には、幼少の頃別れた親友アスラン・ザラがいた。思わぬ形で再会したアスラン・ザラは、戸惑いながらもイージスを奪取。キラは残された機体ストライクに搭乗し、待ち構えていたザフトとの戦闘で敵を撃破してしまう。
キラは無事脱出していた友人達と再会するが、戦闘はまだ続いていた。ストライクはキラにしか扱えないことから、マリュー・ラミアスはコロニー脱出のため彼に出撃を要請。キラも友人達を守るため、否応なくストライクに搭乗するのだった。
