シャアの反乱から3年後、宇宙世紀0096年。工業コロニー「インダストリアル7」において、とある謀議が交わされようとしていた。政財界に絶大な影響力を持ち、地球連邦政府を影から操るビスト財団が、「袖付き」と呼ばれるネオ・ジオン残党軍に「ラプラスの箱」を譲渡するという。
一方、コロニー内に設置されたアナハイム工専に通う少年バナージ・リンクスは、オードリー・バーンと名乗る謎めいた少女と出会う。新たな戦争の火種となり得る箱の取引を阻止するべく、たった一人で行動を起こした彼女を手助けするうちに、バナージは次第にオードリーに惹かれていく。
だが、取引を察知した連邦政府とアナハイム・エレクトロニクス社が地球連邦軍を軍事介入させ、コロニーは火の海と化してしまう。友人達と必死の思いで避難しながらも、オードリーの姿を捜し求めるバナージの前に、ビスト財団当主カーディアス・ビストが現れる。バナージは、瀕死のカーディアスから出生の秘密を知らされると同時に、箱の鍵となる白いモビルスーツユニコーンガンダムを託される。
