一年戦争終結から7年後の宇宙世紀0087。
ジオン公国軍に勝利した地球連邦軍は増長し、コロニーに対し支配と圧力を強めていた。やがて連邦軍内部に「ジオンの残党狩り」を名目に、スペースノイドへの強権的制裁を加えるエリート部隊「ティターンズ」が創設された。急速に勢力を拡大したティターンズに反発する一部の連邦軍人やスペースノイド達は、反地球連邦組織「エゥーゴ」を結成。エゥーゴはティターンズの拠点であるサイド7のコロニー「グリーンオアシス」を襲撃し、コロニーの住民カミーユ・ビダンがその戦闘に巻き込まれていく。
カミーユはエゥーゴに身をおき、一年戦争の英雄シャア・アズナブルが名を変えたクワトロ・バジーナや、アムロ・レイと出会う事になる。エゥーゴとティターンズの戦いを主軸に、地球連邦軍、ジオン公国軍残党の一部が結成した軍事組織アクシズの動きを絡めて描かれていく。
