一年戦争終結から3年が経過した、宇宙世紀0083年。地球連邦軍再建計画に基づきガンダム開発計画が提唱され、ガンダム試作1号機、ガンダム試作2号機が揚陸艦アルビオンに搭載され、オーストラリアのトリントン基地に搬送される。しかし、ジオン軍の残党がこの情報をつかんでおり、核弾頭を装填したガンダム試作2号機を強奪する為、トリントン基地を襲撃。「ソロモンの悪夢」と呼ばれたジオン軍エースパイロット、アナベル・ガトーがガンダム試作2号機を強奪。トリントン基地テストパイロットのコウ・ウラキが乗り込んだガンダム試作1号機が立ちはだかるが、2号機は追撃を振り切って逃走に成功。
地球・宇宙を舞台に、2機のガンダムが壮絶な戦いを繰り広げる。
