宇宙世紀0088年。
カミーユ・ビダンたちの活躍により、ティターンズはグリプス戦役で壊滅。しかしエゥーゴも、指導者でありMS隊の指揮官でもあったシャア・アズナブルが行方不明、主力パイロットであるカミーユも精神崩壊し、大半のパイロットが戦死という状態で、戦力不足に悩まされていた。摂政ハマーン・カーンに率いられたジオン軍残党「アクシズ」は、新たにネオ・ジオンと名乗り、地球圏の制覇へ乗り出す。グリプス戦役で傷ついたエゥーゴの戦艦アーガマは、サイド1のシャングリラに寄港。シャングリラでジャンク屋稼業をしているジュドー・アーシタとその仲間たちは、Ζガンダムを奪って一儲けしようと企んだ事から、アーガマと接触。これを発端とし、少年たちは数々の戦場をアーガマと共に渡り歩いて行くこととなる。
