宇宙世紀0088年2月29日、グリプス戦役の終結後にジオン共和国の戦力も吸収し、組織名をアクシズからネオ・ジオンと改称。戦後の隙を突いて各サイドに制圧部隊を送り込み、地球圏を掌握。この頃から、自身もザビ家のように装飾を施された衣装（軍服）を着用するようになる。これについて、自分のことを「道化」と自嘲気味に評するシーンがある（シャアもグリプス戦役中のダカール演説後、及び第二次ネオ・ジオン抗争時に自分のことを同じように例えている）。同年8月、自ら艦隊を率いて地球に降下。武力の威嚇をもって連邦議会のあるダカールを制圧し、旧ジオン軍やティターンズ残党を配下に収める。10月末には、ダブリンへのコロニー落としを決行し大惨事を引き起こす。その結果、地球連邦政府にジオン発祥の地であるサイド3の譲渡を認めさせる。
同年12月25日、これら一連の作戦で戦局は大きくネオ・ジオン側に傾くが、単なるザビ家の再興がハマーンの目的ではないことに対する急進的な親ザビ派による反発、及びグレミー・トトによる工作から、内乱が勃発。ネオ・ジオンの戦力は大きく疲弊してしまった。
宇宙世紀0089年1月17日、生涯で唯一ノーマルスーツを着用し（その後の制作ではあるが、『劇場版Ζ』に於いてはガザC搭乗時にノーマルスーツを着用している）臨んだエゥーゴとの最終決戦で､ΖΖガンダムを駆るジュドー・アーシタと対決。互角の戦いを演じるものの敗れ、ジュドーが救いの手を差し伸べるもののそれを拒む。そしてキュベレイをモウサ（アクシズの居住ブロック）の壁に激突させ、絶命する。22歳であった。
ただし、映画版Ζガンダムでは、この戦争自体がなかった事とされており、結果後年まで生き続けている可能性もある。また、小説版ではモウサの壁面に自ら激突後、大破したキュベレイが奥に流れていくという描写がなされており、その後の所在も生死も不明。
